崇德天皇在白河法皇去世后，一直被开设院政的鸟羽上皇牢牢控制，甚至被胁迫退位，因此一直郁郁寡欢。久寿二年（1155）七月近卫天皇去世后，崇德上皇希望由自己的儿子重仁亲王继位。但是，重仁亲王的生母兵卫佐局出身低微、毫无权势，而且鸟羽法皇也不希望把皇位交给由白河法皇所指定的崇德上皇的血统。
在智囊亲信信西（藤原通宪）的谋划下，鸟羽法皇最终下诏命第四子、近卫天皇的兄长雅仁亲王（29岁）继位，是为后白河天皇。藤原忠通继续担任关白。同年九月，后白河天皇的第一皇子守仁亲王被册立为皇太子（二条天皇）。实际上，后白河天皇只是被作为临时过渡的天皇，由藤原得子养育的守仁亲王才是“近卫天皇后继者”。至此，崇德上皇建立院政的愿望彻底破灭。
心生不满与怨恨的崇德上皇于是开始秘密谋划，企图让自己重祚，然后再让位给重仁亲王，并将此事告知了一部分心腹。此时，左大臣藤原赖长因被鸟羽法皇怀疑诅咒近卫天皇而被疏远，已经完全失去了成为关白的希望。于是，心有不甘的藤原赖长与崇德上皇一拍即合，决定为实现各自的夙愿共进退，开始谋划如何夺取权力。
久寿三年（1156）四月，后白河天皇改元保元。同年五月，鸟羽法皇病重。鸟羽法皇在病重前便注意到崇德上皇与藤原赖长的频繁往来。随着病情不断加重，鸟羽法皇开始召集平清盛和源义朝等武士，命他们向自己和藤原得子递交誓书，宣布效忠，并嘱咐信西要尽力协助关白藤原忠通，还秘密交代后白河天皇，如果发生万一之事，便与藤原忠通、信西商议，并命平清盛、源义朝等人护卫。
保元元年（1156）七月二日，历经崇德、近卫、后白河三代天皇的鸟羽法皇去世（54岁）。崇德上皇听说鸟羽法皇病重后曾前往探病。但在这非常时期，鸟羽天皇的住所大门紧闭，守卫森严，所有人如果不是鸟羽法皇召见，均不得入内。因此，崇德上皇也被阻拦，没能见到鸟羽法皇。鸟羽法皇去世后，崇德上皇甚至连其葬礼也未能参加。
面对鸟羽法皇去世后的紧张局势，后白河天皇命令检非违使严禁京中武士的行动。接着，有传言称藤原忠实和藤原赖长将动员诸国庄园的武装，发动叛乱。后白河天皇于是命令诸国国司禁止武装集结进京，并派遣源义朝率先攻击了藤原赖长的宅邸东三条殿，并将殿中的财物没官。没官意味着提前定性藤原赖长为谋反，而藤原氏长者被判谋反是前所未闻的。事实上，藤原赖长此时并没有采取任何行动。有学者认为，“这一切都是信西为将赖长逼入绝境而设计的阴谋”。
保元元年（1156）七月九日深夜，崇德上皇突然和少数亲信秘密离开鸟羽田中殿，进入妹妹统子内亲王的御所。但作为皇子的重仁亲王没有同行。第二天，崇德上皇又前往邻近的白河北殿。已被认定为谋反的藤原赖长得知崇德上皇进入白河北殿后，带领家臣一同前往。
此时，崇德上皇与藤原赖长阵营集结了包括平清盛叔父平忠正、源义朝父亲源为义以及平家弘、源赖宪等，其重要的武装力量被禁止集结进京，兵力处于劣势。在后白河天皇阵营，以藤原忠通和信西为首，除了平清盛和源义朝之外，还集结了源义康、源赖政、源重成、源季实、平信兼、平维繁等人，实力占据优势。
后白河天皇阵营经过讨论后，接受了源义朝的建议，决定先发制人。崇德上皇阵营的源为朝（源为义之子、源义朝之弟）虽然也曾建议先发制人，但最终没有被采纳。七月十一日清晨，后白河天皇一方兵分三路夜袭白河北殿，“保元之乱”正式爆发。崇德上皇阵营最初在源为义与源为朝等人的顽强抵抗下还能扛住平清盛等人的进攻，但在后白河天皇阵营采用火攻战术后，人数少的崇德上皇阵营陷入混乱，渐渐落入下风。最后崇德上皇与藤原赖长等人在惊慌中逃走。
藤原赖长在战斗中被流矢射中，身受重伤。他逃往奈良，试图向父亲藤原忠实求助。但藤原忠实挥泪道：“安有氏长者而殒命于矢刃乎！我不忍见此薄命儿也”，拒绝与藤原赖长会面。最终，藤原赖长在怨恨与无奈中咬断舌头后死去。藤原赖长之子藤原兼长、藤原师长、藤原隆长、藤原范长均遭流放。支持藤原赖长的藤原忠实本应被流放，但他最终拒绝收留前来投靠的藤原赖长，并写信给关白藤原忠通为自己辩白，因此在藤原忠通的求情下得以赦免。此时的藤原忠实对早年疏远藤原忠通的行为感到十分后悔，感叹道：“不意关白爱我至此，悔我疎彼之日久矣，”重新让藤原忠通担任藤原氏长者。
也有观点认为，藤原忠实与“药子之变”前藤原内麻吕让自己的儿子藤原冬嗣与藤原真夏分别仕奉嵯峨天皇与平城上皇一样，有意让藤原忠通和藤原赖长分别仕奉后白河天皇与崇德上皇。
藤原忠实于应保二年（1162）去世，时年85岁。胧谷寿给予了藤原忠实极高的评价：“保元之乱后，摄关家确实失去了权力。但是，毫无疑问，藤原氏通过传承知识得以延续。而功臣正是藤原忠实。他渡过了保元之乱这场对于藤原摄关家来说最大的危机，竭尽余力，为藤原氏铺好了以后的道路。而且，在此之后，他的子孙不受与天皇家的外戚关系左右，一直继承摄关家业。可以说，一个真正意义上的‘摄关家'从此诞生了。”
“保元之乱”后，崇德上皇逃到仁和寺，投奔同母弟觉性法亲王，决意投降并出家。但是，崇德上皇却被觉性法亲王逮捕、关押。在“药子之变”中，平城上皇举兵失败后落发为僧，并得到宽大处理。然而，与药子之变的时代不同，在保元之乱的时代，形成了上皇无论是否出家，都可以实行院政的惯例。因此，出家并不能成为放弃权力的保证。此外，守仁亲王一旦去世，作为中继者的后白河天皇脆弱的统治根基将会崩溃，因此也不能排除崇德上皇作为皇室家长实行院政的可能性。
最终，崇德上皇被流放赞岐国，时人称其为赞岐院。其子重仁亲王则到仁和寺出家。崇德上皇被流放时，公卿、贵族无一人相从，只有重仁亲王的生母兵卫佐局及侍女一二人随行。原先与崇德上皇关系密切的近臣们，因为各自都被判处了流放，所以只得在渡口告别。而有幸能够继续留在京中的，也因害怕获罪，不敢出门相送。这是自藤原仲麻吕之乱中淳仁天皇配流淡路国以来，时隔400年再次发生天皇（上皇）被流放的事件。
崇德上皇到达赞岐国后，过着被软禁的生活。其间他投身于佛教信仰之中，亲自抄写了五部大乘经（《法华经》《华严经》《涅槃经》《大集经》《大品般若经》）送往京都，作为对战死者的供养和对自己反省罪过的证明。但后白河天皇怀疑他是在诅咒自己，拒绝接受并退回。被激怒的崇德上皇咬破自己的舌头，在退回的经卷上写下“愿化身大魔王烦扰天下”的血书，继而在诅咒中愤懑而死。
崇德上皇去世后，成为日本著名的四大怨灵之一。当时的人们认为此后接连不断的灾祸皆与崇德上皇的诅咒有关。如平安京遭遇大火、与崇德天皇对立的朝臣接连死亡以及频繁发生的战乱等。崇德上皇的怨灵与平安时代初期桓武天皇的弟弟早良亲王的怨灵有着同样的性质，都是天皇家的怨灵。而且，“崇德”这一追赠的谥号，很可能也是考虑到早良亲王（崇道天皇）而起的。从早良亲王、菅原道真、平将门和崇德天皇这“四大怨灵”可以看到，平安时代的“不平安”。自崇德上皇怨灵登场开始，平安王朝逐渐走上覆灭之路。
此外，在“保元之乱”中战败的平忠正、源为义等人各自逃入深山之中。后来，他们听说京城已经恢复平静，藤原赖长的儿子也没有被判死刑，于是纷纷剃发投降。“药子之变”后最重的刑罚是流放。然而，信西认为他们罪大恶极，强烈要求处以极刑。最终，在日本历史上属于“传说中的英雄人物”的源为朝免于一死，被流放到伊豆大岛；平忠正被自己的侄子平清盛处死；源为义则被自己的儿子源义朝处死。这是自“药子之变”以来350年间首次动用死刑。同时，儿子处死父亲这种有悖伦理、极其残忍的事也给人们带来了极大的震撼。
“保元之乱”的影响是巨大的，可以说是一起成为政治体制的分水岭的事件。在“保元之乱”中，不仅摄关家的氏长者被杀、死刑被恢复、上皇被流放，而且使贵族们认识到，皇族与贵族之间的对立，不依靠武士力量无法解决。然而，以武士来抗衡贵族，终归只是一种“饮鸩止渴”的政治措施。自“保元之乱”后，武家在政治上的发言权得到了飞跃性的提升，而公家的影响力则逐渐下降，标志着武士阶层走上日本政治舞台。
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大日本史 卷之一百四十六 列傳第七十三
https://miko.org/~uraki/kuon/furu/text/dainihonsi/dns146.htm#02
大日本史 卷之一百四十八 列傳第七十五
https://miko.org/~uraki/kuon/furu/text/dainihonsi/dns148.htm#01
