自嵯峨天皇之后，太上天皇不再具有与天皇等同的政治权力，仅享受作为皇族家长的尊荣。宇多天皇在让位之前，任命藤原基经之子藤原时平为大纳言，同时提拔菅原道真为权大纳言，并在退位诏书中命藤原时平和菅原道真担负起等同于关白职务的“内览”，确立了“时平、道真二头体制”，其意图一是想以此来掌控醍醐天皇，二是为了削弱外戚藤原氏的势力。但是，此后发生的两件事，使宇多天皇的构想难以实现，即藤原稳子入醍醐天皇后宫成为女御与“昌泰之变”。
醍醐天皇与藤原基经、藤原时平父子原本并不存在外戚关系。宇多天皇在让位前，同桓武天皇一样，希望通过同族婚姻来纯化皇室血统，将自己的同母妹为子内亲王嫁给醍醐天皇，并一直试图防止藤原氏成为外戚。醍醐天皇也在即位后立为子内亲王为正妃。上一位成为皇后的内亲王还是淳和天皇的皇后正子内亲王。但是，昌泰二年（899）三月，为子内亲王被立为正妃两年后去世，只生有一女劝子内亲王，未能生子。此后宇多上皇与醍醐天皇父子之间围绕藤原时平的同母妹藤原稳子是否入宫的问题产生了争论。最终，醍醐天皇在藤原时平的协助下，成功将藤原稳子纳为女御。宇多上皇和为子内亲王的母亲班子女王对藤原稳子入宫十分愤怒，认为为子内亲王就是死于藤原稳子的诅咒。从此，醍醐天皇要求自立的倾向越来越明显，宇多上皇与醍醐天皇从父子一体的关系变为父子对立的关系。
菅原道真小名阿呼，出身于历代都是作为学者型和实务型官僚立身出仕的菅原氏族（原为土师氏），为参议菅原是善第三子。菅原道真与橘广相一样都是平安时代前期的著名学者和诗人，他在11岁时便写出了著名的诗句：“月耀如晴雪，梅花似照星，可怜金镜转，庭上玉房馨。”（《菅家文草》）相对于藤原氏这样的世代名门，菅原家属于“寒门”。菅原道真的父亲菅原是善做到参议刑部卿，已经是菅原家最显赫的职务。“阿衡纷争”事件后，才华横溢的菅原道真替代橘广相，得到宇多天皇的赏识和重用，历任式部少辅、藏人头、式部大辅、左大弁、勘解由使长官、遣唐大使等职，致力于革新政治。宽平七年（895），颇有政绩的菅原道真升任中纳言兼春宫权大夫。历来担任纳言和春宫职的都是名门权贵的子弟，菅原道真担任中纳言已经是超越了他的门第。
醍醐天皇即位后，菅原道真在宇多上皇的爱护下继续高升。宽平九年（897），菅原道真任权大纳言，兼右近卫大将。昌泰二年（899）二月，菅原道真升任右大臣，在他之上的仅有左大臣藤原时平一人，超过了醍醐天皇的外祖父藤原高藤和仁明天皇的皇子源光等人。此外，菅原道真还将自己的女儿嫁给了宇多天皇与橘义子之子齐世亲王。橘义子与齐世亲王不久后生下宇多天皇的长孙英明王（源英明）。与此同时，连一些文人也开始嫉妒菅原道真所获得的荣宠，暗暗期待菅原道真失势。这样，对菅原道真掌权感到威胁的藤原氏与源氏、对菅原道真的政治改革感到不安的中下层贵族以及对菅原道真破格晋升越来越反感的学者们，都与菅原道真产生了对立的情绪。尤其是源氏，将此前对藤原氏的不满，全部转移到菅原氏的身上。在为子内亲王去世不久后的昌泰二年（899）十月，宇多上皇遁入佛门。宇多上皇原本大有要施行院政以获取与天皇同等权力的趋势，此时突然放弃了权力，菅原道真瞬间失去了强有力的后盾。
就在此时，文章博士三善清行大概已经预感到菅原道真的危险处境，于是写文章劝谏道：“伏惟尊阁挺身自翰林，超升槐位，朝之宠荣，道之光华，吉备（真备）公外，无复与美。伏冀知其止足，察其荣分。擅风情于烟霞，藏山智于丘壑。后生仰视，不亦美乎。”但菅原道真没有接受三善清行的建议，没有像同样出身寒门却升至右大臣的吉备真备一样急流勇退。
昌泰（901）四年正月，菅原道真的反对者藤原时平、源光、藤原菅根、藤原清贯等人相互勾结，诬告他意图瞒着宇多法皇、废黜醍醐天皇、帮助自己的女婿齐世亲王篡夺皇位。宇多法皇闻讯后亲自赶去找醍醐天皇，意图挽回此事，但被担任守卫的藏人头藤原菅根（曾受过菅原道真的羞辱）阻拦，在宫门外等了一夜竟然都无法与醍醐天皇见面，只好黯然离去，从此不再过问政事。“醍醐天皇本来与父亲宇多上皇一样信任并重用菅原道真，但是他对宇多上皇通过菅原道真干预政治抱有戒心。当被暗示有人密谋威胁比什么都重要的皇位时，醍醐天皇为了斩草除根，也就只有下决心抛弃菅原道真。”最终，菅原道真被罢免右大臣一职，贬为大宰府权帅，流放至九州大宰府，政治生涯就此结束；他的四个儿子，菅原高视、菅原景行、菅原兼茂、菅原淳茂皆被处以流刑；他的女婿齐世亲王则入仁和寺出家为僧，改名真寂；他年幼的子女随其一同前往大宰府；他已经嫁人的女儿则留在京城。以上是为“昌泰之变”。
以上两件事对日本此后的历史产生了重要的影响。藤原稳子入宫的影响是长远的，她作为此后两代天皇（朱雀天皇和村上天皇）的母亲，延续了藤原氏的皇室血脉，为藤原氏实行外戚摄关政治奠定了基础。“昌泰之变”的影响则是非常直接的，它不仅使菅原道真被贬官，而且使文人的政治力量渐渐衰落下去，与此同时，也使宇多上皇企图摆脱藤原氏的构想彻底地失败，醍醐天皇则重新实现皇权一元化，开始“亲政”。
“昌泰之变”完全是一桩冤案。菅原道真被贬后，醍醐天皇改元延喜。藤原时平的妹妹藤原稳子则成为醍醐天皇的女御，并生下崇象亲王（后改名保明）。延喜三年（903）二月，重蹈橘广相覆辙的菅原道真在郁闷与不甘中去世（59岁）。延喜四年（904）二月，崇象亲王被立为皇太子。
菅原道真蒙冤屈去世后，有一些人对其蒙冤被贬的遭遇和郁郁而终的结局深感同情和悲叹，纷纷议论将来必有灾祸降临。果不其然，菅原道真的冤魂此后席卷整个朝廷，成为继早良亲王之后的又一著名怨灵。首先是诬陷他的藤原菅根于延喜八年（908）十月在雷雨大作中去世。接着，被视为事件主谋、正值盛年的左大臣藤原时平也于延喜九年（909）四月去世（39岁）。此外，旱魃、狂风、暴雨、冰雹等灾变接连发生。民间传说这些灾异都是菅原道真的怨灵在作祟，醍醐天皇对此则是半信半疑。
延喜十三年（913）三月，另一位诬陷菅原道真并接替他成为右大臣的源光离奇死去，最后连尸骸都找不到。延长元年（923）三月二十一日，藤原时平的妹妹藤原稳子所生、娶了藤原时平女儿藤原仁善子的皇太子保明亲王英年早逝（21岁）。在这一背景下，醍醐天皇对菅原道真的“灵威”也深信不疑。为平息各种不祥事件，醍醐天皇于当年四月二十日为菅原道真恢复了名誉和官职，赠其为正二位。与此同时，醍醐天皇先后于四月二十六日和二十九日分别立藤原稳子为皇后、保明亲王与藤原仁善子之子庆赖王为皇太子。
然而，醍醐天皇的举措还是没能让菅原道真停下复仇的脚步，接下来依旧“疾疫不止”。延长三年（925）六月，年仅5岁的皇太子（皇太孙）庆赖王也因病夭折。延长八年（930）六月二十六日，京都发生的一起雷击宫殿事件，成为压垮醍醐天皇的最后一根稻草。根据《日本纪略》记载，醍醐天皇当日将大臣们召集到清凉殿，商议祈雨之事，“午三刻，从爱宕山上，黑云起，急有阴泽。俄而雷声大鸣，堕清凉殿坤第一柱上。有霹雳神火。”该事件导致宫殿中贵族死伤惨重，其中诬陷菅原道真的藤原清贯被当场烧死。近在眼前的雷击事件导致醍醐天皇一病不起，并在三个月后去世。
天历元年（947）六月，民间在京都北野建祭祀菅原道真的神社，这便是“北野天神”的起源。正历年间由于疫病横行，一条天皇担心又是菅原道真的怨灵作祟导致，于是于正历四年（993）六月追封菅原道真为正一位左大臣。但接着宫殿惨遭无名大火重创，于是一条天皇于润十月追封菅原道真为太政大臣。随着时代的变迁，菅原道真从被流放者的怨灵逐渐升格为法力无边的天神，其神力涉及镇护、雪冤、孝道、学问等诸多方面。到了现代，菅原道真作为学问之神和考试之神得到人们的广泛信仰，全日本各地有一万多座天满宫的分社，每年到了考试时期，各地天满神社的参拜者络绎不绝，虔诚祈祷菅原道真的在天之灵保佑自己考试合格。
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