经过“鹿谷事件”后，一方面后白河法皇因自己的宠臣被处罚而开始厌恶平清盛；另一方面，平清盛也开始猜忌后白河法皇在幕后授意，法皇与平氏间的关系急速恶化。
治承三年（1179），许多不幸接连降临在平清盛身上。先是被平清盛视为继承人并寄予厚望的嫡长子平重盛因病辞官，并剃发遁入空门。接着，其女平盛子于六月去世。在关白藤原基房（松殿基房）的怂恿下，后白河法皇在未与平清盛商议后就将平盛子生前本该过继给义子藤原基通（藤原基实之子）的家产过继给了藤原基房。一个多月后，平重盛病死。就在平清盛为之哀恸不已的时刻，法皇却又一次未与平清盛商量即没收了平重盛在越前国的领地。
在平重盛去世之前，平清盛一直蛰居福原，并没有什么恶逆、谋叛的举动。后白河法皇在平盛子和平重盛去世后关于两人名下的领地划分问题，激起了平清盛的震怒。治承三年十一月十四日，平清盛身着甲胄，率领数千骑大军突然从福原来到京都。拥有强大武力的平清盛同样不与后白河法皇商议，直接向高仓天皇奏请后便举行了除目（解免官职）。平清盛首先罢免了关白藤原基房及其他与平家作对的贵族30余人，并将藤原基房处以流罪。同时，平清盛升任没有担任过参议和纳言却亲平氏的藤原基通（平清盛女婿）为内大臣，并让其继任关白之职。此外，平清盛还将后白河法皇幽禁于鸟羽殿，停止了其院政，自己则实现了独揽大权。
从某种意义上说，平清盛开创了武家政权的先河。尽管如此，平氏政权基本上沿袭了以往的朝廷机构，没有建立武家的统治和管理机构，并没有完全取代公家政权。因此，可以说“当时的政治体制是后白河院政与平清盛的武家政权，在微妙的平衡下共存的一种体制。”
治承四年（1180）二月，平清盛迫使高仓天皇退位，拥立自己年仅2岁的孙子、平德子之子言仁亲王即位，是为安德天皇。此时高仓上皇的院政不过是平清盛的傀儡而已。至此，平氏一族达到全盛时期。与此同时，平清盛对朝廷的不敬与专横跋扈也引起了公家、寺院乃至武士的不满，平氏的衰兆也由此开始显露。
治承四年四月，觊觎皇位的后白河法皇第三子以仁王与摄津源氏的源赖政合谋，假称后白河法皇第二子“最胜王”的名号，向全国武士发布追讨平氏的令旨。然而，平清盛的反应十分迅速，他立即派第四子平知盛发兵征讨。最后败逃的以仁王和源赖政两人都被诛杀。借此，平清盛还对各寺院的宗教势力进行了整治。为了维持平氏政权的长治久安，平清盛于承治四年六月强行将国都迁往平氏的据点福原（今神户附近）。
然而，这份为反对平氏势力提供正当性的以仁王讨伐平氏令旨仍然在全国各地广为传播。同年八月，被平清盛流放到伊豆国的源赖朝与其正室北条政子的父亲北条时政合谋，举兵反抗平氏。此外，源赖朝的弟弟源义经与信浓国的木曾义仲（源义仲）等人也举兵反抗平氏。源赖朝起兵，对平氏而言是一大威胁。为了防止源赖朝的势力坐大，平清盛派遣由嫡孙平维盛率领的大军等前往征讨。然而，在与源赖朝交手的富士川之战一役中，平氏军队未战先败、望风而逃，不仅使整个东国落入源赖朝手中，而且导致各地反抗平氏的声浪也越来越大。
平氏在富士川战败后，以寺庙、神社为中心的宗教势力开始蠢蠢欲动，同时平氏的亲贵以及同盟延历寺皆坚决反对迁都，平清盛为了挽救人心，又将国都迁回京都。虽然平清盛迁都福原的计划仅仅不到半年便化为泡影，但“这种与京都和贵族社会保持距离、确立武士政权的设想，不久为源赖朝所继承，最终在镰仓建立幕府”。此时，高仓上皇病重，无法处理政务，而安德天皇尚年幼，平清盛无奈只能请后白河法皇重开院政。
养和元年（1181）正月，高仓上皇去世（21岁）。二月，外有强敌、内失政权且染上热病的平清盛也去世（64岁）。平清盛去世后，其子嗣完全无法应付全国各地接连不断发生的反抗变乱。至寿永二年（1183）七月，屡战屡败、已无法在京都立足的平氏准备挟持安德天皇和后白河法皇西逃。然而，后白河法皇突然乘机逃脱，并与源氏联系。最终，狼狈不堪的平氏带着安德天皇及三神器逃往四国。
寿永二年（1183）八月，京都的公卿大臣围绕要不要拥立新天皇的问题进行了讨论。有人认为等到确认安德天皇的安危之后再立新天皇；有人认为先扶持新天皇登基，以稳定政局。最终，由后白河法皇主持，在没有天皇神器的情况下，年仅4岁的尊成亲王（高仓天皇第四子）践祚，是为后鸟羽天皇。
关于新天皇的人选，率先攻入京都的木曾义仲认为平氏的败亡始于以仁王的令旨，应该让以仁王的皇子即位。但木曾义仲的提议没有被后白河法皇所采纳。此外，木曾义仲还对后白河法皇封给他的官阶不满，因此对后白河法皇充满怨恨，进而开始如盗贼般在京都肆意乱为。后白河法皇为制衡木曾义仲，暗中派遣使者，催促源赖朝进京勤王。但坐镇镰仓的源赖朝此时正致力于在关东建立武家政权的根据地，因而百般推脱进京之事，最终由其弟源义经与源范赖代其前往京都。
此时，木曾义仲不仅和后白河法皇的关系濒临决裂，而且昔日的盟友也开始鄙视并离弃，逐渐陷入孤立。在此被动局面下，木曾义仲发动政变，袭击后白河法皇的住所法住寺，并软禁后白河法皇和后鸟羽天皇。之后，木曾义仲一方面向后白河法皇奏请追讨源赖朝，另一方面又与平氏交好。元历元年（1184）正月，木曾义仲担任征夷大将军，统揽军政大权。然而，众叛亲离的木曾义仲在与源义朝、源范赖兄弟的会战中一败涂地，并最终战死沙场（31岁）。
在木曾义仲与源赖朝冲突期间，平家势力趁机反扑。寿永三年（1184）正月，后白河法皇命源赖朝征讨平氏及党羽。源赖朝于是命令源范赖与源义经兵分两路讨伐平氏。在一之谷之战中，源义经重创平氏。平氏残军被迫渡海前往赞岐国屋岛。此时，战功卓越的源义经不仅多次不遵照源赖朝的命令出兵，而且未经源赖朝授意便私自接受后白河法皇的封赏。与此同时，源赖朝不仅对屡立奇功的源义经毫无表示，而且罢免了他的平氏追讨使之职（改任源范赖为追讨使，并举荐其就任三河守）。因此，源赖朝与源义经兄弟在表面上虽然风平浪静，但私下却暗潮涌动。
寿永三年八月，负责追讨平氏的源范赖因部队军粮匮乏，军中士气沮丧。在战情不利的情况下，源赖朝再次启用源义经发兵征讨平氏。文治元年（1185）正月，源义经巧妙获得当地武士势力的支持后，攻陷平氏屋岛大本营。屋岛之战后，源义经集结兵力与平氏残余军队在坛之浦海交战。最终，大势已去的平氏大将纷纷投海自尽，留着平氏血脉的安德天皇也被外祖母二位尼平时子抱着沉入海中，神器也随之被海浪吞没，平氏至此覆亡。以上动乱史称“治承·寿永之乱”，亦被称为“源平合战”。
源义经用兵神速，运筹帷幄，是日本历史上最伟大的天才军事家之一。从上洛勤王击败木曾义仲到一之谷之战奇袭平氏，从屋岛之战击败平氏主力到坛之浦之战彻底歼灭平氏，立下赫赫战功的源义经赢得了武士们的尊敬和爱戴。为此，源义经也遭到了兄长源赖朝的猜忌、排挤甚至刺杀。随着源赖朝和源义经兄弟二人的矛盾逐渐公开化，后白河法皇应企求自保的源义经的要求，发出了讨伐源赖朝的院宣。然而，面对源赖朝的强大军事实力，享有盛名且有朝廷支持的源义经仍旧没能成功征兵。于是，源义经只好逃往四国，意图东山再起。后白河法皇于是又转而发出了讨伐源义经的院宣，“朝廷反复可至此境地，令人难以想象”。最终，源义经被源赖朝与后白河法皇逼到走投无路而选择引刀自刎（后世有源义经未死而逃往北海道的传说）。
建久元年（1190）十月，早已在镰仓建立武家政权的源赖朝进京拜见后白河法皇。后白河法皇为了奖赏源赖朝，先后任命他为权大纳言和右近卫大将，但均遭源赖朝的谢绝。源赖朝想出任的是象征武家最高荣誉职位的征夷大将军。没有被任命为征夷大将军的源赖朝此后返回镰仓，重新整顿幕府机构。
建久二年（1191）十二月，后白河法皇身体出现不适。建久三年（1192）三月十三日，后白河法皇去世（66岁）。从久寿二年（1155）即位算起，他历经二条、六条、高仓、后鸟羽四朝，治世达37年之久。这期间风云变幻，形势动乱，不断发生各种政治势力之间的斗争，天皇势力日趋没落。为维护朝廷的存续，后白河随机应变，施展种种权术，被称为“日本第一大天狗”。随着后白河天皇的去世，日本最后的贵族政治时代——平安时代落下了帷幕。
同年七月，源赖朝出任期盼已久的征夷大将军，正式建立了镰仓幕府，一个新的、武士掌权的时代由此开始了。此后，幕府制度绵延了700余年，直至德川幕府的末代将军德川庆喜投降，幕府制度才方告终结。
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大日本史 卷之一百五十三 列傳第八十 平清盛下
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大日本史 卷之一百五十九 列傳第八十六
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