朝廷命官。官职设置与职官任用属于中央事权。清廷制定的职官制度的所有规定，在台湾一一遵办、不曾稍违。因应某些具体情况，对台湾官制所做的调整，也一一出于清廷的决策。例如，“台湾各缺向例三年任满，称职者加升衔再留三年，方准升用”。对此，清雍正七年 （1729年）正月初五日有谕：“朕思台湾道、府、厅、县等官自宜选用熟习谙练者，然定期六年为满，又加以候缺、交盘、渡海之期，实为太久。今再四思维，台湾文员自到任之日为始，将满一年之期，着该督、抚于闽省内地官员内拣选贤能之员，乘冬月北风之时，令其到台，新旧协同办理，半年之内，大约可以熟悉地方情形，则令旧员乘夏月南风之时回至内地补用……如此，则该员在台前后不过两年”。其后，台湾官员“三年官两年满”的任期制基本上沿用至光绪年间；再如，关于台湾道的全称从“福建分巡台湾厦门兵备道”“福建分巡台湾厦门道”“分巡台湾道”到“福建台湾道”，官名多次变动、其职权职能也多次变化，乃出于朝廷决定；又如，关于提督学政一职在台湾，经地方官“奏准”即经由朝廷批准，先后由分巡台厦兵备道（1684—1721年）、分巡台厦道（1721—1727年）、巡台御史（1721—1751年）、分巡台湾兵备道（1752—1874年）、福建巡抚（1875—1877年）、分巡台湾兵备道（1878—1888年）、台湾巡抚（1888.10—1895年）兼理。提督学政是各省教育行政长官，其职责之一是主持省内各地童生试（俗称考秀才）的第三阶段考试（院试）。福建内地与台地隔海相望，交通不便，故在台湾采用兼理制（台湾建省后并未设提督学政一职，仍然采用兼理制，由台湾巡抚兼理）。

中国地分两岸而成“海峡两岸”的情形，始于《马关条约》、始于1895年。吾友杨彦杰教授在《台湾历史与文化》（海峡文艺出版社 1995年版）一书里指出：“1895年日本人占领台湾以前，台湾一直处在福建文化的强烈影响之下，两岸文化是一体的。这种文化一体的关系，主要是由于大陆向台湾不断移民，同时也由于两岸长期同属于一个行政体系，政治制度相同，官方提倡的意识形态一致。”诚哉是言也。谈论“制度史视野里的台湾”，当然要描述“两岸长期同属于一个行政体系”、论述“政治制度相同”即一制的问题也。