1874年，日本借口琉球海难船民遭台湾“番社”居民杀害，派西乡从道中将率军入侵台湾。清廷明确指示：台湾“番社”居民“既居中国土地，即当一视同仁，不得谓为化外之民，恝置不顾，任其惨遭荼毒”。命台湾地方官员潘蔚、夏献纶同日本侵略军交涉、开展外交斗争；派钦差大臣沈葆桢赴台指挥，并“酌度机宜，妥为收抚”台湾“番社”居民；令陆路提督罗大春、唐定奎各率所部入台。

也是在1874年，台湾发生了严重疫情。据历史记载，日本侵略军有500余人死于疫病；我方“文武员弁”也因“疫气流行”而病故者众。疫病死亡人员包括“教谕田晋阶、万嗣伯，参将侯汝志、邵鉴清，游击王维新，都司刘登惠，守备徐宜和、吴维隆，千总田登瀛、卫承元，把总徐万华”，以及“副将李东来，守备时荣贵”“副将周维先、把总杨飞高”，等等。率精锐部队铭、武13营6500员入台的淮军名将唐定奎也几乎病倒于军中。

台南祀典兴济宫迄今保存当年台湾知府周懋琦的题联。联之跋语曰：“同光戌亥间，有开山抚番之役。天降灾瘥，竭诚祈请灾不为厉”。“同光戌亥间”即清同治十三年甲戌（1874年）至光绪元年乙亥（1875年）年间，“天降灾瘥”即台湾1874年发生的自然灾害即疫病。清代水师重镇福州闽安镇至今有“戍台故兵义冢”保存完好，属于全国重点文物保护单位。该墓葬群的墓主135人，是当年随沈葆桢入台的闽安镇水师左、右营士兵，他们大多死于疫病、死于1874年发生的台湾疫情蔓延期间。